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我为什么生病?? 有了这个工具,医生一眼就能知道

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我为什么生病?? 有了这个工具,医生一眼就能知道

2016年6月2日

对于“是什么让我生病了”这个简单的问题,答案往往是否定的?这句话来之不易. 目前用于找出导致感染的病毒或细菌的方法存在速度太慢的风险, 或者根本找不到罪魁祸首. Taxonomer 基于基因组学的病原体监测工具能否为诊断传染病的新方法大发娱乐提供基础. 在本期播客中,Scope Radio采访了Gabor Marth, D.Sc., 他是USTAR基因发现中心的联合主任, 也是iobio的创造者, 该软件赋予分类器特性,使其易于访问和直观. Marth解释了Taxonomer相对于当前临床测试的优势,以及它可以使用的其他方法的数量. 了解更多.

事件记录

面试官: 一种新工具可能会彻底改变大发娱乐诊断传染病的方式,下节内容是范围.

播音员: 检查最新的研究,告诉你最新的突破, 科学与研究秀在the Scope上播出.

面试官: 我在和Gabor Marth谈话, 犹他大学人类遗传学教授,USTAR基因发现中心联合主任.

传染病的诊断仍然是医学上的一个重大问题. 现在就在诊所, 你要么做培养,要么做PCR测试,看看是什么在感染一个人. 你们合作开发了一个叫做Taxonomer的工具,它采用了一种完全不同的方法.

伽柏: Taxonomer是一个能够查看DNA片段的软件工具, 目前的技术能够从传染病患者的血液中产生什么, 然后识别出样本中存在的有机体.

这些类型的工具, 在我看来, 很有可能取代你提到的测试, 都是基于特定的假设. 大发娱乐必须知道大发娱乐在这些病人身上寻找的是什么菌株, 而像Taxonomer这样的工具将能够查看DNA序列,并提前告诉你是什么致病微生物导致了病人的疾病.

面试官: 所以如果你有一个病人生病了, 你取一点血, 你必须从血液序列中获得所有遗传物质的DNA, 我猜. 然后这个序列信息进入分类器, 分类学家把所有的东西都编入目录.

伽柏: 是的, 正如你提到的, 在传统的临床测试中,你必须问“这个病人有这种特殊的菌株吗?, 这个病人患的是哪种特定的肺炎毒株.“有时候这些实验会失败. 一些菌株在实验室测试中使用的培养基中比其他菌株表现更好. 当同样的数据交给分类学家时,你只是得到了一个公正的观点,即患者体内存在哪些菌株和比例. 这将大发娱乐医生更快、更客观地诊断病人.

面试官: 所以Taxonomer有一些非常突出的特点. 这些都是基于一个叫Iobio的软件,就是你开发的,对吧?

伽柏: Taxonomer本身就是引擎, 它是一种软件,它能够提取DNA片段,并告诉你该DNA片段是哪种生物体. 它嫁给了艾比奥, 我的实验室正在开发的一个基于网络的分析平台是什么, 这使得互动成为可能, 数据的实时性和高可视性.

面试官: 是的, 我听到的一种描述是,这就像把一台超级计算机放在普通用户手中, 它背后有那么大的力量. 但是可以在网上找到.

伽柏: 这实际上是一个准确的描述,因为允许Taxonomer运行的计算能力是巨大的,但所有这些都是对用户隐藏的. 这就是所谓的建筑的反手, 在后台有一台功能强大的计算机,以非常快的速度进行计算, 非常密集的分类工作. 但用户看到的几乎是即时的反应和即时的结果.

面试官: 在此之前, 这种类型的分析需要更长的时间,可能必须由专家完成, 正确的? 生物信息学专家. 但现在任何人都能做到. 是这个意思吗??

伽柏: 很多很多普通用户都能做的事情. 当然,这并不是说就不再需要了 . . .

面试官: 大发娱乐不再需要你了.

伽柏: 更深入的分析和专家分析, 而是分类学家能做什么, 它将能够给科学家, 甚至是一个外行, 对数据压倒性特征的直接看法. 例如,大发娱乐有一个埃博拉病人的例子. 当你观察这位埃博拉患者血液中的病毒成分时, 你会发现这个人体内几乎100%的病毒载量都是埃博拉病毒. 所以这是一个非常, 很明显,也很容易解释这个人生病的原因.

面试官: 就像你说的, 这个工具的强大之处在于它非常直观, 这有助于人们以不同的方式获取信息. 你能谈谈这个吗? 为什么你认为这是一个重要的组成部分.

伽柏: 这就是人类思维的运作方式. 专家可以接受培训,查看来自软件的大型数据文件和文本输出,并以科学有意义的方式解释这些数据. 但是大发娱乐人类的大脑并不是这样工作的. 大发娱乐喜欢看东西, 大发娱乐喜欢利用大脑固有的分析能力,从一个图像开始发展理解. 这就是Iobio项目背后的基本理念.

面试官: 你认为在几年内,特别是Taxonomer会被怎样使用?

伽柏: 我认为它的适用性将会非常广泛. 这将是一个非常广泛和普遍适用的工具. 大发娱乐今天可以预见的一些应用将是诊所的传染病识别,这将需要专家对数据进行审查. 前进, 最明显的应用将是病原体鉴定, 在野外条件下.

一旦技术发展到便携式和更快的DNA测序可以在野外条件下使用. 这只是冰山一角, 检查餐馆的卫生条件,以及大发娱乐现在能想到的许多应用,未来还会有更多的应用.

播音员: 有趣,内容丰富,而且都是为了更好的健康. 大发娱乐是Scope健康科学广播.